杭州海关下辖的隶属海关及机构设置如下：

一、直属海关

舟山海关

负责舟山群岛及附近海域的监管。

温州海关

管辖温州及其周边区域。

台州海关

覆盖台州全境。

嘉兴海关

管理嘉兴市相关贸易活动。

绍兴海关

负责绍兴地区的进出口监管。

湖州海关

监管湖州及周边区域。

金华海关

覆盖金华市及义乌小商品市场的监管。

义乌海关

重点管理义乌小商品贸易。

衢州海关

负责衢州全境。

萧山机场海关

管理萧山国际机场的通关事务。

杭州经济技术开发区海关

服务于杭州经济开发区的进出口业务。

二、正处级机构

杭州海关

作为总署直属正厅级海关，管辖除宁波外的浙江全境。

三、其他说明

丽水海关

目前处于筹建阶段，尚未正式启用。

杭州海关风险防控分局

作为内设机构，负责风险防控工作。

以上信息综合了不同时期的海关管理架构，部分机构如丽水海关的现状需以最新官方公告为准。