办理日本留学手续主要分为以下几个阶段：

获得留学学校的入学许可

向目标学校提交入学申请，并需获得学校的入学许可。

申请在留资格认定证明书

通过学校等机构向日本法务省入境管理局申请“在留资格认定证明书”。

申请签证

持有“在留资格认定证明书”后，向日本国驻华大使馆领事部或各地的总领事馆申请留学签证。

办理外国人登录手续

在日本居留的外国人需到居住地的区（市）役所办理外国人登录手续，以获得外国人登录证。

申请打工许可

如果计划在日本打工，需提前向入国管理局申请打工许可。

延长居留期限

如签证的居留期限到期，需办理延长居留期的手续。

更改居留资格

如有需要，需提交相关材料申请更改居留资格。

办理国民健康保险

留学生需加入日本的国民健康保险，并在区役所办理相关手续。

办理个人番号卡

在日本居住需办理个人番号卡，以便进行各种政府手续和享受公共服务。

办理银行卡和交通卡

办理日本银行卡和交通卡，以便日常消费和交通出行。

申请再入国许可

如有暂离日本后需返回继续学业的情况，需办理再入国许可手续。

建议在办理这些手续时，提前了解并准备好所有所需材料，并注意各个手续的办理时间和要求，以确保留学过程顺利进行。