杰克船长和戴维琼斯之间的恩怨主要源于一笔交易。戴维琼斯是“飞翔的荷兰人号”的船长，他帮助杰克将“黑珍珠号”从海底拉上来，并让杰克成为黑珍珠号的船长。作为回报，杰克答应在13年期满后，为戴维琼斯在“荷兰人号”上服务100年。这笔交易实际上是一个灵魂的契约，杰克在13年期满后，他的灵魂将归戴维琼斯所有。

然而，杰克并没有履行这个承诺，而是选择逃跑，试图避免这个可怕的契约。因此，他欠戴维琼斯他的灵魂，或者说，他欠戴维琼斯自己。这种恩怨在《加勒比海盗》系列电影中多次被提及，成为故事的重要情节之一。

此外，戴维琼斯还因为其他原因与杰克产生冲突。例如，在《加勒比海盗2：聚魂棺》中，戴维琼斯与贝克特勋爵联手追捕杰克，而杰克则试图拯救“黑珍珠号”并解除船员的诅咒。这些冲突进一步加深了两人之间的恩怨。

总的来说，杰克船长和戴维琼斯之间的恩怨主要源于一笔灵魂的契约，以及杰克未能履行这个承诺。这种恩怨贯穿了整个“加勒比海盗”系列电影，成为故事的重要情节之一。