在留学申请中，"refer"一词通常有以下几种含义：

推荐或提及：

在某些情况下，"refer"可以指通过找已经被录取的学生，在拒绝邮件中向学校及导师推荐你，相当于内部推荐。

成绩达标：

有些学校会有一个"refer"的规定，即申请者的成绩是否达标。如果成绩达标，则可能被直接录取。

补考机会：

在学术成绩方面，"R"可能代表"Restudy"，意味着允许学生补考。

主动拒绝并推荐：

在主动decline offer（拒绝被录取）的同时顺便推荐下别的申请者。

综上所述，"refer"在留学申请中主要涉及推荐、成绩达标、补考机会以及主动拒绝并推荐等含义。具体含义需要根据上下文来判断。