关于日本海关留存指纹记录的时间，综合相关信息整理如下：

长期保留政策

根据日本《入国管理法修正案》，自2012年11月23日起实施的入境审查新规定，要求16岁以上外国人入境时提供指纹和面部照片，并将其信息录入数据库。该法案规定，这些个人信息将长期保存， 计划保留70至80年，主要用于防止恐怖活动。

普通旅客的实际情况

- 对于普通旅客（非被通缉或犯罪记录者），日本海关通常不会主动保留指纹记录，其指纹数据主要用于与在日犯罪记录的比对。

- 若因特殊原因被要求提供指纹（如非法滞留等），相关记录的保留期限可能因个案而异，但 无统一年限限制，需根据具体法律法规执行。

历史政策对比

2011年之前的政策中，日本曾计划保留指纹70年，但该政策已于2012年通过法律修正案修订，延长至70-80年。

建议与注意事项

- 若您担心历史记录影响未来入境，建议通过正规渠道办理出入境手续，并配合海关要求。

- 若已存在未结签证或法律问题，建议咨询专业机构处理，避免因信息滞留影响行程。

综上，普通旅客的指纹记录在满足法律规定的情况下， 不会因年限问题被清除，但实际管理中可能因技术更新或政策调整发生变化。